Через несколько лет останки Натальи Алексеевны и Петра Петровича были перенесены в Благовещенскую церковь и перезахоронены в самой почетной алтарной части. Над их могилами были положены плиты, получившие название царских, и Благовещенская церковь стала превращаться в первую царскую усыпальницу Петербурга. В ней похоронены царица Прасковья Федоровна, ее дочь герцогиня Мекленбургская Екатерина Иоанновна, правительница России Анна Леопольдовна, первая жена цесаревича Павла Петровича (будущего императора Павла I) великая княгиня Наталья Алексеевна и некоторые другие. Там же был погребен император Петр III, прах которого в 1796 г. был перенесен его сыном в императорскую усыпальницу Петропавловского собора.
С самого начала Лазаревское кладбище получило чрезвычайно высокий статус. При Петре I для совершения там захоронения требовалось личное разрешение императора. Неслучайно в числе первых здесь был погребен сподвижник Петра I фельдмаршал граф Борис Петрович Шереметев, одержавший ряд побед в ходе Северной войны. Впоследствии здесь были похоронены многие представители семьи Шереметевых и среди них знаменитая крепостная актриса Параша Жемчугова. Со временем Лазаревское кладбище стало самым привилегированным кладбищем Петербурга. Здесь нашли свое последнее пристанище представители аристократических фамилий (Апраксины, Белосельские-Белозерские, Гагарины, Голицыны, Долгорукие, Мещерские, Разумовские, Салтыковы, Столыпины, Шуваловы и др.), императорские фавориты и фаворитки (Е. Р. Воронцова (Полянская), П. В. Завадовский, А. Я. Охотников), влиятельные вельможи (М. Н. Муравьев, Н. С. Мордвинов, А. В. Олсуфьев), талантливые ученые и литераторы (М. В. Ломоносов, Д. И. Фонвизин), прославленные военачальники (В. Я. Чичагов, П. И. Ханыков). Известный историк искусства Н. Н. Врангель писал в начале ХХ столетия: "Как будто здесь собрались после смерти все те, кто когда-то составляли тесный кружок придворного общества. На маленьком пространстве Лазаревского кладбища погребена целая эпоха, целый мир отживших идей, почти все придворное общество Елизаветы, Екатерины и Павла".
Основная часть могил относится к XVIII cтолетию, хотя хоронить продолжали еще в XIX и даже в ХХ веках. Одним из последних стало захоронение в 1915 г. выдающегося государственного деятеля графа С. Ю. Витте. В 1919 г. кладбище было закрыто для погребений, и в начале 1930-х годов на его основе стал создаваться музей художественных надгробий. Некоторые памятники, не представлявшие по мнению "экспертов" исторической и художественной ценности, были уничтожены, зато с других петербургских кладбищ, разрушавшихся или упраздненных, были сделаны перезахоронения (Л. Эйлер, К. И. Росси, Дж. Кваренги, Т. де Томон, М. И. Козловский, И. П. Мартос и другие). Число снесенных и перенесенных памятников относительно невелико, и, несмотря на такое вторжение в существование Лазаревского кладбища, можно сказать, что в целом оно сохранило свой исторический облик.
В числе лиц, похороненных на Лазаревском кладбище, имеют непосредственное отношение к Императорской Публичной библиотеке: В. С. Попов, А. С. Строганов, С. А. Валуев, Н. Я. Бичурин и создатель одного из корпусов Библиотеки архитектор К. И. Росси.
В конце Петровской дорожки неподалеку от Лазаревской усыпальницы похоронен Василий Степанович Попов (1743 - 1822) — видный государственный деятель, управляющий Кабинетом его императорского величества. Выдвинувшийся еще при Г. А. Потемкине, Попов занимал различные посты при трех императорах — Екатерине II, Павле I и Александре I. Среди многих дел ему было поручено организовать доставку и разбор библиотеки Залуских, ставшей основой будущей Императорской Публичной библиотеки. Деятельность Попова была высоко оценена: он был награжден различными орденами и умер в чине действительного тайного советника.
Памятник, установленный на его могиле, представляет собою монументальный саркофаг с черным мраморным крестом на крышке. Могила обнесена чугунной оградой. На сегодняшний день надгробный памятник сохранился с утратами. Мраморный скульптурный портрет Попова, стоявший на небольшой колонне в головах саркофага, перенесен в Благовещенскую церковь, часть левой поперечины креста отсутствует, почти неразличимы надписи на гранях саркофага.
Рядом с Поповым похоронен главный директор императорских библиотек в 1800 - 1811 гг. граф Александр Сергеевич Строганов (1733 - 1811). На семейном месте сохранились могилы еще троих Строгановых: барона Сергея Григорьевича Строганова (1707 - 1756), известного мецената, основателя картинной галереи; Павла Александровича Строганова (1774 - 1817), генерал-адьютанта, сторонника прогрессивных реформ, входившего наряду с В. П. Кочубеем и Н. Н. Новосильцевым в число ближайших советников Александра I; Александра Павловича Строганова (1794 - 1814), погибшего на глазах у отца, П. А. Строганова, в битве при Краоне.
На могилах Строгановых установлены два однотипных саркофага с беломраморными плитами, имеющими общее основание. Эпитафия на надгробии А. С. Строганова отмечает наиболее важные вехи его деятельности:
"Академии Художеств Президент, Императорских Библиотек Главный Директор, С. П. Б. Губернии Предводитель Дворянства, Екатеринбургской Гранильной Фабрики и Петергофской Гранильных и Шлифовальных мельниц главный начальник, Комиссии о построении Казанской соборной церкви первоприсутствовавший, разных российских и иностранных орденов кавалер, окончивший здесь временную жизнь в 27 день сентября 1811 года на 78 году от своего рождения."
Казанский собор, созданный выдающимся архитектором А. Н. Воронихиным (1759 - 1814), воспринимался современниками не только как храм чудотворной иконы Казанской Божьей матери, но и как мемориал воинской славы. Ведь именно из Казанского собора после торжественного молебна ушли российские войска сражаться с Наполеоном и там же в одном из приделов покоятся останки М. И. Кутузова. А. С. Строганов принимал самое деятельное участие в создании проекта собора и курировал его строительство. В сентябре 1811 г. Казанский собор был торжественно освящен. Присутствовавший на церемонии Строганов простудился и вскоре скончался.
Сам Воронихин, которого легенда называет внебрачным сыном А. С. Строганова, тоже похоронен на Лазаревском кладбище. На его могиле установлен великолепный памятник: колонна красного полированного гранита, которую венчает фигура гения с атрибутами искусства. Колонна пресечена рустом березового мрамора, на одной из граней которого помещен рельеф, изображающий Казанский собор. Рельеф этот интересен тем, что являет собою историческую зарисовку начала XIX столетия. Панорама собора со стороны Невского проспекта отличается от сегодняшней. На переднем плане виден обелиск, перенесенный от собора во второй половине XIX в., а также полусклоненные статуи архангелов на постаментах.
В Некрополе XVIII века находится могила еще одного замечательного архитектора - Карла Ивановича Росси (1775 - 1849). По его проекту в 1833 г. был построен корпус Императорской Публичной библиотеки, выходящий на площадь Александринского театра, и почти 70 лет парадный вход в Библиотеку находился под сенью богини мудрости Афины-Паллады. Заслуги К. И. Росси в создании архитектурного облика Петербурга невозможно переоценить, и, когда в 1930-е годы началось разорение старинных кладбищ, было принято решение о его перезахоронении. Прах зодчего и его жены был перенесен вместе с памятником с Волковского лютеранского кладбища. Высокая стела серого полированного гранита над такой же плитой отмечает могилу архитектора, которая находится почти напротив могилы жены А. С. Пушкина Натальи Николаевны Ланской.
В числе первых сотрудников, поступивших при А. С. Строганове в Библиотеку, с 1800 по 1809 г. служил Степан Алексеевич Валуев (? - 1809). Представитель древнего дворянского рода, он был похоронен на Лазаревском кладбище, но могила его не сохранилась.
Неподалеку от надвратной церкви обращает внимание на себя не совсем обычный памятник: невысокая гранитная каплица с крестом и расположенными вертикально вызолоченными китайскими иероглифами. Это - надгробие одного из первых российских синологов, члена-корреспондента Императорской Академии наук, почетного библиотекаря Императорской Публичной библиотеки, монаха Александро-Невской лавры о. Иакинфа (в миру Никиты Яковлевича Бичурина (1777 - 1853)). Проведя в качестве начальника Русской духовной миссии в Китае около 15 лет, он не только изучил язык и обычаи, но в какой-то степени усвоил и китайскую философию. Эпитафия на памятнике гласит: "Постоянно прилежно трудился над увековечившими его славу историческими трудами".