Профессор Геттингенского университета Н. Бонвеч писал Н.Н. Глубоковскому: «Ваше имя навсегда останется незабываемым в русской науке. Но Вы сумели также установить живую связь и с западным ученым миром. Вы сделали своим для русского богословия то, что там было выработано в области богословия, и постарались также доставить русскому богословию доступ в западный мир». Столь же высоко оценивал заслуги Глубоковского и директор Славянского отдела Восточно-Европейского Института в Риме А. Пальмиери, не раз бывавший в России и на протяжении многих лет состоявший с Глубоковским в переписке: «Я знаю, может быть, лучше других, что Вы сделали для богословской науки в России. Отзывы о трудах Глубоковского регулярно появлялись на страницах и католических и протестантских изданий1. Сам Глубоковский поместил в русских духовных и светских журналах свыше семидесяти рецензий на исследования западных ученых по текстологии Нового Завета, грамматике и истории новозаветного греческого языка, по истории новозаветного времени и пр. – на труды Г. Хейнрици (D.G. Heinrici), К. Грегори, А. Дейсмана (A. Deissmmann), Б. Нетелера (B. Neteler), Ф. Скривинера (Fr. Scrivener), Э. Нестле (E. Nestle) и иных.
В автобиографии Николай Никанорович писал: «Родовая фамилия была “Проворов” (от слова “проворный”), а “Глубоковскими” (по селу Глубокому) были записаны отец Никанор и его брат Павел». Местность, где ранее стояло село Глубокое, находится в 7 км «по проселку» от станции Коноша по Архангельской железной дороге. Во времена Иоанна Грозного здесь находилась мужская пустынь во имя Преображения Господня, а после закрытия ее – погост. На высоком восточном берегу озера Глубокое, «узкого как река», но глубиною до 20 саженей, стояла «каменная прочная и благоукрашенная как со вне, и кольми паче внутри» Спасо-Преображенская церковь, где почти на протяжении века были дьячками прадед и дед Николая Никаноровича. Приход закрыли в 1860-е г., но церковь простояла до 1950 х гг. На кирпичи для печей была разобрана зимняя церковь, а затем взорвана летняя. Остатки церковного фундамента видны и доныне.Николай Глубоковский был девятым ребенком (двое умерли в младенчестве) в семье священника Никанора Петровича Глубоковского, настоятеля Спасо-Преображенской церкви Кичменгского городка Никольского уезда Вологодской губернии. После смерти отца († 23 февр. 1866) воспитывался в семье старшей сестры Анны, выданной замуж за священника села Кобыльское (в 20 верстах от Кичменского городка) о. В. М. Попова. Большое влияние оказал старший брат Матвей, выпускник медицинского факультета Московского университета, основатель журнала «Наука и жизнь».
Кобыльская церковно-приходская школа, в которой преподавал отставной солдат, затем Никольское духовное училище (1873–1878), Вологодская духовная семинария (1878–1884) , Московская духовная академия (1884–1889) и завершением обучения стал год профессорского стипендиатства по кафедре всеобщей истории у профессора А.П. Лебедева. Ему Глубоковский, по собственному признанию, обязан был «началом и всем направлением» своего «научного бытия».За сочинение «Блаженный Феодорит, епископ Киррский. Его жизнь и литературная деятельность» (М., Т. 1, 2. 1890) удостоен степени магистра богословия. Исследование о Феодорите принесло мировую известность благодаря рецензии крупнейшего историка Церкви профессора Берлинского университета Адольфа фон Гарнака.
После недолгого преподавания в Воронежской духовной семинарии осенью 1891 г. утвержден доцентом по кафедре Св. Писания Нового Завета С.-Петербургской духовной академии. Служебная карьера Глубоковского складывалась на редкость успешно: в ноябре 1894 г. – экстраординарный профессор, в январе 1898 г., через неделю после присвоения степени доктора богословия за сочинение «Благовестие св. Апостола Павла по его происхождению и существу. Библейско-богословское исследование» – ординарный, по исполнении 25 лет академической службы в октябре 1916 г. – заслуженный ординарный профессор. Прошел путь от надворного (1892 г.) до действительного статского советника (1910 г.), имел ордена св. Анны 3-й и 2-й степени, св. Станислава 2-й и 1-й степени, св. Владимира 4-й и 3-й степени и четыре Высочайшие благодарности за поднесенные труды свои (более 20). Николай II «интересовался» трудами Глубоковского, которые «держал при себе» в Александровском дворце Царского Села.
Энциклопедизм и феноменальная работоспособность Глубоковского поражали современников, а список работ (включая газетные статьи и рецензии) насчитывает около 1000 наименований. Литература наравне с профессурой была для Глубоковского «как бы священнослужением». По собственному признанию, он стремился избежать двух зол: «в первом случае человек становится служителем не высшей независимой идеи, а своей собственной ограниченной личности, а во втором – делается рабом житейской суеты, где пускается на базарный торг самое человеческое достоинство». Большинство работ опубликовано при жизни Глубоковского, в России и за рубежом. Из неопубликованного значительную ценность представляют замечания на славяно-русский перевод Четвероевангелия и первая редакция очерка о развитии богословской науки в России.
Широкую известность в России и Европе принесло Глубоковскому редактирование Православной богословской энциклопедии, первой не только в России, но в мире. Деятельным было участие его в различных комиссиях при Св. Синоде: о поводах к разводу (1895), о «праве» евреев именоваться христианскими именами (1911), по вопросам реформы духовной школы (1905–1908), в работе Предсоборного Присутствия (1906), где обсуждались вопросы церковной реформы.
1 апреля/19 марта 1918 г. Совет Петроградской академии получил постановление Народного Комиссариата просвещения о том, что «Петроградская Духовная Академия, как таковая, не является потребностью современного государственного строя и подлежит закрытию». В надежде спасти Академию Глубоковский выступил одним из инициаторов соединения ее с Петроградским университетом, подготовив проекты необходимых документов. Предполагалось «нечто вроде Парижской Сорбонны». Из-за противодействия А.В. Луначарского объединения не произошло. Петроградская академия была закрыта и занята колонией «малолетних преступников».
В сентябре – декабре 1918 г. по приглашению проканцлера Упсальского университета архиепископа Натана Седерблома Глубоковский посетил Швецию. В Упсальском университете прочитал лекции о соединения церквей и составил научное описание славянских рукописей и старопечатных книг, хранившихся в университетской библиотеке Carolina Rediviva.
По возвращении из Швеции преподавал на Восточном факультете Петроградского университета. С марта 1919 г. служил архивариусом в бывшем Синодальном Архиве, где временно нашли приют многие профессора Петроградской духовной академии. Благодаря их самоотверженной деятельности удалось спасти от гибели многие церковные архивы Петрограда. С весны 1920 г. преподавал в Петроградском Богословском институте.
Глубоковский не раз заявлял, что при утверждении в России «безбожного насильнически-социалистического строя» должен будет оставить «несчастное отечество»: «считая гибель «в беженстве» исходом лучшим: «Пусть так, но мы умрем со свободною и открытою молитвой, а здесь – хуже последней твари». Решение окрепло после получения известия о расстреле в Уральске в ночь 25\26 июня 1919 г. старшего брата Александра. Но лишь в июле 1921 г., после почти двухлетних усилий удалось получить визу благодаря содействию М. Горького.
Незадолго до отъезда 27 ноября 1920 г. Глубоковский оформил брак с Анастасией Васильевной Лебедевой (урожд. Нечаевой), вдовой профессора А.П. Лебедева, с которой долгие годы жил в гражданском браке.Н.Н. и А.В. Глубоковские покинули Петроград 16/29 августа 1921 г. Жизнь в эмиграции оставалась насыщенной и плодотворной: преподавательская, научная, церковно-общественная деятельность делают Глубоковского заметной фигурой в русском рассеянии. С 1923 г. и до дня кончины состоял профессором по кафедре Св. Писания Нового Завета и новогреческого языка Богословского факультета Университета им. св. Климента Охридского в Софии, неоднократно читал лекции в Свято-Сергиевом Православном Богословском институте в Париже. В качестве представителя Болгарской Православной Церкви участвовал в межхристианских конференциях по объединению церквей в Лондоне (1925), Стокгольме (1925), Лозанне (1928). Был куратором Русского христианского студенческого движения в Болгарии.
С первых месяцев пребывания за границей в русской и иностранной печати появляются его церковно-публицистические очерки о положении церкви в советской России, статьи по богословию и вопросам межцерковного общения.
Скончался Николай Никанорович Глубоковский в русском госпитале Красного Креста в Софии, похоронен на русском участке городского кладбища. В надгробном слове митрополит Софийский Стефан отметил, что «Глубоковскому нет замены, он был опытным и всесторонне образованным руководителем “всех богословов и христианских ученых” <…>. Он имел классическое духовное равновесие, законченный характер, гениальный ум с гениальным сердцем и памятью. Он был всегда и всюду человек без лицемерия, с чистотой, горячностью, простотой и смирением – был человек в настоящем смысле слова».В Отделе рукописей Российской национальной библиотеки хранится архив Н.Н. Глубоковского, насчитывающий более двух тысяч единиц хранения (Ф. 194. Оп.1, 2). Помимо работ Глубоковского он включает обширнейшую переписку. В числе корреспондентов Глубоковского иерархи и министры, ученые и писатели, монашествующие и литераторы, чиновники различных рангов и ведомств и иные лица.