Между Свято‑Троицким собором и Благовещенской церковью расположен Духовской корпус, возведенный в первой четверти XVIII в. по проекту Доменико Трезини. В начале 1820‑х гг. он был перестроен архитектором Василием Петровичем Петровым (1778‑1829). Тогда в корпусе была устроена церковь во имя Сошествия Святого Духа; иконостас в ней был сооружен по проекту того же В.П. Петрова в 1822 г. Иконы, сюжеты и порядок размещения которых в иконостасе были определены священноархимандритом Лавры митрополитом Михаилом (Десницким) (1762‑1821), написал академик Дмитрий Иванович Антонелли (1791‑1842). Позднее, в 1840‑х гг., иконы, созданные для этого иконостаса, были переданы в церкви Феодоровского корпуса Лавры. В самой Духовской церкви в 1864 и 1881 гг. проводились большие восстановительные работы, касавшиеся и росписей, и иконостаса. В 1936 г. храм был закрыт, и его интерьеры уничтожены.
Еще в XVIII в. к восточной стене Духовского корпуса была пристроена «палатка», находившаяся над захоронениями. В 1820‑х гг., одновременно с сооружением Духовской церкви, «палатка» была частично надстроена вторым этажом для устройства придела во имя преподобного Сергия Радонежского. Вход в придел, именовавшийся также «малой церковью», был из Духовской церкви, от которой он отделялся деревянными стенами. Иконостас был взят из упраздненного домового храма. Фотография Машукова запечатлела Сергиевский придел прежде его расширения в середине 1910‑х гг., когда была надстроена и вторая часть «палатки».
«В северо‑восточном углу Духовской церкви вверху, над палаткой, устроена в 1822‑м году церковь во имя преподобного Сергия Радонежского. <...> Вход на нее чрез северные хоры Духовской церкви. Церковь занимает пространство около 4×3 сажен с небольшим. Примыкая северной стороной к капитальной стене Александро‑Невской церкви и имея алтарную стену общую с Духовскою церковью, она отделена от Духовской церкви лишь двумя деревянными стенами, выходящими в Духовскую церковь. Освещается двумя окнами из алтаря, и двумя в Южной стене, выходящими в Духовскую церковь. Престол в алтаре имеет над собою 8‑миугольный шатер.По описи Лавры 1860‑го года, иконостас в эту церковь поставлен поступивший из упраздненной домовой церкви генеральши Прасковьи Николаевны Фредро, рожденной графини Головиной, и при постановке был поновлен. Местная икона преподобного Сергия Радонежского пожертвована в 1820‑м году графом Потемкиным. По документам лаврского архива, иконостас был написан новый живописцем Марком Набоковым, из 14‑и образов, среди коих 2 большие местные — святого Сергия Радонежского и святого царя Константина с матерью его Еленой, прочие — апостольские и пророческие поясные изображения. <...> В 1835‑м году граф Дмитрий Николаевич Шереметев обновил и украсил храм, было новое освящение».
Работы по возведению Феодоровского корпуса Лавры, симметричного Духовскому, были начаты во второй половине 1720‑х гг. Леонардом Теодором Швертфегером (ок. 1680 ‑ после 1738) и завершены в 1740‑х гг. Пьетро Антонио Трезини (1692 ‑ после 1760). В корпусе находилась двухэтажная церковь; после перестройки в начале 1840‑х гг. верхний храм в ней был освящен во имя святителя Николая Чудотворца, нижний — во имя святого благоверного князя Феодора Новгородского — старшего брата святого Александра Невского. В 1930‑х гг. церковные интерьеры были уничтожены.
«В 1840‑м году переделывался иконостас и сделана роспись храма <...>. Работы были закончены в 1842‑м году, и церковь вновь освящена 17‑го сентября в честь святителя Николая Мирликийского. <...> В этом храме размещены были иконы, писанные академиком Антонелли в 1820‑м и 1821‑м годах для иконостаса Духовской церкви: Сошествия Святого Духа, Рождества Христова, Рождества и Введения во храм Богородицы, Богоявления, Всех скорбящих Радости, святых Александра Невского и Феодора Новгородского, художника Веригина иконы архангелов Гавриила и Михаила, академика Бассани — Снятие со креста, из домовой церкви графа Григория Орлова. Тут же помещена икона архангела Михаила, бывшая южной дверью в Александро‑Невской церкви».
Самой поздней постройкой на территории Лавры, сфотографированной Машуковым, стал Исидоровский храм‑усыпальница, возведенный рядом с Феодоровской церковью в 1890‑1891 гг. по проекту архитектора Григория Ивановича Карпова (1824‑1900). В 1892 г. здесь был погребен настоятель Александро‑Невской лавры митрополит Новгородский, Санкт‑Петербургский и Финляндский Исидор (Никольский) (1799‑1892), прослуживший на этой кафедре более тридцати лет. Через сорок лет, в 1932 г., когда церковь будет закрыта, его прах перенесут на Никольское кладбище Лавры.
В свой каталог Машуков включил также фотографию могилы Ивана Федоровича Нильского (1831‑1894) — профессора Санкт‑Петербургской духовной академии, скончавшегося 11 августа 1894 г. Исходя из этой даты, а также из того, что на других снимках Лавры листва не выглядит по‑осеннему поредевшей или изменившей цвет, можно предположить, что фотограф посетил обитель во второй половине августа или в первой половине сентября 1894 г.
«В 1889‑м году <...> разрешена была постройка усыпальницы‑палатки при Феодоровской церкви, для погребений, в 14×10 сажен, на 167 двухъярусных могильных мест. Ввиду обширности сооружения явилась мысль палатку устроить церковью. Новосооруженная церковь посвящена была преподобному Исидору Пелусиоту и митрополитом Исидором освящена 6‑го октября 1891‑го года».
«Тридцатидвухлетнее служение митрополита Исидора на Петербургской кафедре памятно еще столице. <...> Маститый архипастырь, сохранивший свое положение среди различных течений века незыблемым до конца дней, являлся для духовного мира непререкаемым авторитетом практической жизненной мудрости. <...> Владыка отличался благородною терпимостью к индивидуальным особенностям ума и характера, всегда содействовал просвещению. <...> Владыка сжился с Лаврою и в последние годы почти безвыходно пребывал в своих покоях, только раз в неделю выезжая на заседание в Святейший Синод, да изредка к богослужениям. <...> Владыка Исидор погребен в построенной при нем Исидоровской церкви на солее с правой стороны, под иконою Спасителя».
Строительство в 1750‑х ‑ 1760‑х гг. Митрополичьего корпуса Лавры связано с именем архитектора Михаила Дмитриевича Расторгуева (1728‑1767). Столетие спустя, в первой половине 1860‑х гг., крылья корпуса были надстроены вторым этажом по проекту архитектора Алексея Максимовича Горностаева (1808‑1862). В южном флигеле в 1861 г. была заложена и через два года освящена митрополитом Исидором домовая архиерейская церковь (так называемая крестовая), посвященная Успению Пресвятой Богородицы, с приделом святителя Тихона Задонского. Во второй половине 1920‑х гг., после закрытия церкви, ее иконостас был вывезен в ленинградский Музей отживающего культа (этот музей, основанный в 1923 г. и для посетителей так и не открывшийся, был ликвидирован в 1927 г., а его экспонаты перешли в другие музейные и научные организации).
«Митрополит Исидор прибыл на Петербургскую кафедру из Киева 11‑го августа 1860‑го года и застал в своем доме работы по переустройству домовой церкви. <...> Митрополит <...> в следующем году предложил Духовному Собору составленный архитектором Горностаевым план надстройки второго этажа с обеих сторон митрополичьих покоев на одноэтажном монастырском здании. В марте 1861‑го года испрошено было высочайшее соизволение на „перестройку флигелей митрополичьего дома с помещением в одном из них церкви“, и затем, по указанию митрополита, приступлено было немедля к сооружению надстройки для церкви „с правой стороны дома, то есть южной“. 16‑го июня, в день святого Тихона, епископа Амафунтского, с коим совпадало тезоименитство святого Тихона, епископа Задонского, об открытии мощей которого дело тогда приходило к концу, по обычаю произведена была закладка.В феврале 1862‑го года художник Савва Постемский подписал собственноручно написанное митрополитом условие на устройство иконостаса за 2.850 рублей. Митрополит сам написал проект изображений в иконостасе. Весною 1863‑го года был поставлен на церкви крест, пожертвованный „почетным гражданином и художником“ Федором Андреевичем Верховцевым. Потолки и стены, по рисункам академика Солнцева, расписаны академиком Титовым. Над царскими вратами копия иконы Успения Богоматери в Киево‑Печерекой лавре. Митрополит, по воспоминанию Киева, посвятил храм Успению Божией Матери, а придел святителю Тихону Задонскому, в день тезоименитства коего была совершена закладка храма. Главная церковь была освящена митрополитом 23‑го июня, а придел 13‑го августа, в день открытия мощей святителя Тихона. <...> Церковь имеет размер 9×7 сажен».
А. В. Ярцева