Различные этапы успешной карьеры П.Н. Батюшкова нашли отражение в документах, хранящихся в фонде 52 ОР РНБ. Значительное количество этих документов посвящено его службе в должности вице-директора Департамента духовных дел иностранных вероисповедания Министерства внутренних дел. Одним из направлений деятельности П.Н. Батюшкова на этом посту стало увеличение количества и улучшение материального состояния православных церквей в западных регионах России. Этому аспекту деятельности принадлежит собственноручно написанная им записка «Устройство православных церквей в казенных имениях западных губерний» (Батюшков П.Н. Устройство православных церквей в казенных имениях западных губерний. Автограф [1850-е гг.]. ОР РНБ. Ф. 52. Д. 9), в которой уделено внимание вопросам ремонта старых и строительства новых церквей, обеспечения духовенства и т.п. Этому же вопросу посвящен еще один документ – «Записка о деятельности Министерства внутренних дел по церковно-строительному делу в Западном крае» (Батюшков П.Н. Записка о деятельности Министерства внутренних дел по церковно-строительному делу в Западном крае [1858 г.]. ОР РНБ. Ф. 52. Д. 21).
Этот документ изобилует исправлениями и пометками автора. Примерно к этому же периоду принадлежит «Записка о Русском расколе» (Батюшков П.Н. Записка о Русском расколе. Писарская копия с пометой П.Н. Батюшкова [1857-1858]. ОР РНБ. Ф. 52. Д. 23), представляющая собой очерк истории старообрядчества в России. Пометка П.Н. Батюшкова гласит – «Напечатано в сборнике Кельсиева (?)». Этот очерк, очевидно, был специально скопирован для П.Н. Батюшкова из «Сборника правительственных сведений о раскольниках» (Лондон, 1860)5.
Пребывая в должности помощника попечителя и попечителя Виленского учебного округа, П.Н. Батюшков продолжал свою деятельность по усилению влияния православного духовенства в крае, в том числе и в области народного просвещения. Кроме того, он ратовал за усиление позиций русского языка в преподавании и высказывался о нежелательности использования польского языка. В числе прочих, интерес представляет «Записка о координации действий духовенства и Министерства народного просвещения в отношении народных школ» (Батюшков П.Н. Записка о координации действий духовенства и Министерства народного просвещения в отношении народных школ [1862]. ОР РНБ. Ф. 52. Д. 48), в которой автор рассуждает на тему участия духовенства в образовательном процессе в России и в католических странах.
После оставления П.Н. Батюшковым места попечителя Виленского учебного округа состоялся праздничный обед. В фонде 52 сохранился рукописный сборник речей, произнесенных в честь бывшего попечителя (Речи, произнесенные на обеде 2 ноября 1869 г. в честь бывшего попечителя Виленского учебного округа П.Н. Батюшкова. 1869 г. ОР РНБ. Ф. 52. Д. 59). П.Н. Батюшков оставил комментарии, в которых дается пояснение о том, кто произносил конкретную речь. Например, о И.Я. Шульгине он пишет: «Ив. Яков. Шульгин помощ. Попечителя Вил. У. округа, был уволен от службы в 70 году. Он был вызван М.Н. Катковым в Лицей Цесар. Николая и скончался в Москве 2 июня в 71 году».
Необходимо также упомянуть об участии П.Н. Батюшкова в строительстве храма Христа Спасителя в Москве, вице-президентом комиссии по сооружению которого он являлся с 11 января 1872 г. В фонде 52 сохранилась писарская копия докладной записки П.Н. Батюшкова императору Александру II (Батюшков П.Н. Докладная записка Александру II о ходе работ и денежных затратах по постройке храма Христа Спасителя в Москве. Писарская копия [1872]. ОР РНБ. Ф. 52. Д. 63), в которой описывается состояние работ по постройке храма и приведены денежные суммы, необходимые для продолжения строительства.