Фонд рукописей — одно из богатейших в мире собраний письменных памятников отечественной и мировой культуры, от древних египетских папирусов до автографов наших современников. Он содержит свыше 430 тысяч единиц хранения, около 1.4 тысяч личных фондов и коллекционных собраний.
В фонде редких книг представлены книги кириллической печати с 1491 по 1800 гг., книги, напечатанные глаголическим шрифтом, книги гражданской печати первой четверти XVIII века, большая коллекция книг Петровской эпохи. Также в фонде хранятся инкунабулы (одна из крупнейших в мире коллекций), альдины, эльзевиры, западноевропейские издания XVI –XVII вв.
Фонд отдела картографии – второй по величине в России. По хронологическому охвату и репертуару изданий не имеет себе равных в стране. В составе фонда – карты, атласы, репродукции рукописных материалов, глобусы, электронные картографические издания. Свыше 100 тыс. экз. печатных изданий и около 200 ед. электронных карт и атласов.