Член-корреспондент Императорской Академии наук
На протяжении многих лет Н. Н. Глубоковский принимал участие в подготовке «Словаря русского языка», издаваемого Отделением русского языка и словесности Императорской Академии наук. 28 ноября 1909 г. «в знак глубокого уважения к ученым заслугам в области русского языка и словесности» избран членом-корреспондентом Императорской Академии наук по представлению академиков Н.П. Кондакова и А.И. Соболевского.
В декабре 1913 г. как «наиболее видный представитель Духовной Академии» Глубоковский был введен в состав Исполнительного комитета по подготовке IV Международного съезда историков, который должен был состояться в Петрограде в 1918 г. По просьбе председателя Комитета академика А.С. Лаппо-Данилевского составил справку о 35 церковно-исторических и церковно-археологических обществах из 60, существующих в России (по подсчетам Глубоковского).
Но непросто складывались взаимоотношения профессора Духовной академии с Академией наук. Осенью 1910 г. Н.Н. Глубоковский намеревался представить свое сочинение об апостоле Павле на соискание премии М.Н. Ахматова, куда принимались «оригинальные сочинения по всем отраслям научных знаний». Ответ Непременного секретаря С.Ф. Ольденбурга был отрицательным: богословские сочинения не входят «в компетенцию» Академии наук.
За отзывы о сочинениях Б.В. Титлинова «Духовная школа в России в XIX столетии» (Вып. 1-2. Вильна. 1909), В.И. Герье «Блаженный Августин. Зодчие и подвижники Царства Божия» (Ч. I. М., 1910), П.А. Прокошева «Didaskalia Apostolorum и первые шесть книг Апостольских Постановлений: историко-критический этюд из области источников церковного права» (Томск, 1913), В.В. Четыркина «Апокалипсис св. Апостола Иоанна Богослова. Исагогическое исследование» (Пг., 1916), представленных на соискание различных премий Академии наук, Глубоковский был удостоен четырех золотых рецензентских медалей.
После закрытия Петроградской духовной академии именно Академия наук стала для Н.Н. Глубоковского «заветной и истинно желанной пристанью». Весной 1920 г. после очередного ходатайства А.И. Соболевского Общее собрание Академии наук приняло решение о командировании Глубоковского в Швецию, Норвегию, Германию и Францию сроком на один год для исследования и описания славяно-русских материалов, как рукописных, так и старопечатных. Это давало основание легально покинуть Россию.
