18 мая 1906 года был назначен товарищем министра внутренних дел П. А. Столыпина, который знал его по работе в Саратове. Был назначен 22 сентября 1907 года сенатором с производством в тайные советники, а 1 января 1909 года стал и Государственным секретарем.
В 1911 году был назначен Министром внутренних дел. 1 января 1912 года — членом Государственного совета. В августе 1915 года избран верхней палатой членом Особого совещания для обсуждения и объединения мероприятий по обеспечению топливом (Осотопа). С 7 июля по 20 декабря 1916 года занимал должность Министра юстиции и Генерал-прокурора.
20 декабря 1916 года отправлен в отставку. 1 января 1917 года получил чин действительного тайного советника.
Краткий список литературы и трудов:
Гутман М. Ю. К 220-летию Министерства юстиции Российской Федерации: министры юстиции, генерал-прокуроры Правительствующего Сената Российской Империи в начале ХХ века (1905 - 1917 ГГ.) / Гутман М.Ю., Никулин А.Г., Сальников В.П. // Юридическая наука: история и современность. - 2021. - № 8. - С. 28-55. Шифр хранения: П23/6290
Макаров А. А. Что необходимо знать крестьянину, желающему выйти из общины и укрепить за собой землю : (Закон 9 нояб. 1906 г.) : (Сост. исключительно для крестьян) / [А. Макаров]. - Вятка : тип. и хромолит. Шкляевой, 1909. - 17 с. ; 23 см. Шифр хранения: 34.85.7.694
Памятная книжка Ставропольской губернии.... на 1912 год. - Ставрополь : изд. Ставропольск. губ. тип., 1911. - С. [6], портр. Шифр хранения: С595Став/П15
Россия. Междуведомственная комиссия по преобразованию полиции. Заключение Междуведомственной комиссии под председательством сенатора А.А. Макарова, по проекту закона о преобразовании полиции в Империи. - С.-Петербург, 1910. - 54 с. ; 30 см. Шифр хранения: 17.146.1.6 (т. 1, аллиг. 1)
Устав полицейский с постатейными объяснениями : Проект, выраб. Междувед. комис. под председательством сенатора А.А. Макарова. - Санкт-Петербург : Гос. тип., 1911. - 491 с. ; 30 см. Шифр хранения: 65-9/127, 17.146.1.6(3)
Учреждение полиции : проект, выработанный Междуведомственною комиссиею под председательством сенатора А.А. Макарова. - С.-Петербург, 1910. - 2, 57 с. ; 29 см. Шифр хранения: 17.146.1.6(т. 1, аллиг. 2), 17.146.1.6 (т. 1, аллиг. 2)
Шилов Д. Н. Макаров Александр Александрович // Государственный совет Российской империи, 1906-1917 : энциклопедия / Ин-т обществ. мысли [и др.] ; редкол.: В.В. Шелохаев, д.ист.н., проф., лауреат Гос. премии РФ (отв. ред.) и др. - Москва : Российская политическая энциклопедия, 2008. - С. 159-160. Шифр хранения: С 2008-5/78, У Х2(2)/Г-727